Данный музей является одним из старейших музеев в Узбекистане. Основной для него послужила выставка сельского хозяйства в и промышленности, проведенная осенью 1984 года в городе Новый Маргилан (нынешняя Фергана). Через год, 2 ноября 1885 года по приказу Ферганского областного военного губернатора на 2 этаже губернаторского дома для музея выделяется 4 комнаты.
Если в 1897 году утверждается Устав музея , то 26 мая 1899 году происходит торжественное открытие «Народного музея Ферганской области» (первоначальное название музея). К этому времени в музее было собрано 2223 предметов и книг Музей был расположен в подсобном помещение дома губернатора и обычно был открыт по выходным и праздникам. Или же он специально открывался для высоких гостей.
В 1911 году музею пришлось закрыться и только в 1920 году в связи с изменением политической обстановке в Фергане, после перехода власти совета , музей заново открывается. К этому времени его цели и задачи полностью меняются. Музей стал называться «научным музеем города Ферганы». Он был размешен в одном из здании на улице Кон-стантиновская (нынешняя Турон). До 1984 музей функционировал в этом здании.
В 1922-1927 гг. в экспозиции музея существовали отделы сельского хозяйства , ремесленничества , нумизматике , природы, истории и этнографии.
В 1928 году открывается новый отдел археологии, а в 1932 году отдел революции. С 1938 года музей начинает деятельность в качестве «областного краеведческого музея». К этому времени в музей существует экспозиции природоведения и история и социалистического строительство. Количество экспонатов превысило 15 тысяч.
В годы Второй Мировой войны музей усиливает свою деятельность, его персонал обогащает фонды документами о фронтовой отваге и самоотверженном труде в тылу Фер-ганцев.
С 1950 г. музей начинает активную деятельность в сфере археологи. Данные работы были проведены выпускниками Ленинградского университета, а впоследствии работниками музея Н.Г.Горбуновой и Б.З.Гамбургом. Только в 1951-1956 гг. фонды музея пополняется на более чем 3000 предметов археологии. Хотя, на момент открытия музея в нем имелось всего лишь 2 предмета археологии. На сегодняшний день фонд археологии музея имеет одну из самых богатых коллекций в Ферганской долине. Это орудия труда каменного века, глиняные и бронзовые предметы найденные в результате археологических исследований, а также многих предметов, обнаруженных на территории долины.
Большую часть фонда музея составляют негативы, фотоснимки и документы отражающие быт жителей Ферганской долины со второй половины XIX века до нашей дней, а также предметы материального наследия относящиеся к древней и современной истории региона.
В музее также хранится коллекция изобразительного искусства, объединяющая произведения как самых первых профессиональных художников Ферганы М. Н. Янцина, П. М. Никифорова, А. Н. Волкова, С. Алибекова, так и современных художников. Керамика Риштана и Гурумсарая, медные и ювелирные изделия, коллекция текстиля, а также различные образцы вышивки притягивают взор посетителей.
С 1985 года музей функционирует в новом современном специально построенном здании. На данный момент в музее функционирует экспозиция, отражающая историю долины до начало XX века и показывающая природу региона. Эти экспозиции являются оригинальным наследием нашей истории и культуры и в них используется современные диорамы.
В годы независимости резко возросла роль музея в социальной жизни региона. Особенно неоценима роль квалифицированного персонала музея в восстановлении и исследовании богатой и своеобразной истории нашего народа. Именно благодаря из стараниям удается проводить празднования знаменательных дат не только та государственном, но и на международном уровне. Празднование 1200 летя нашего великого соотечественника Ахмада ал-Фергани и 900 летя Бурхониддина ал-Маргилони яркий тому пример.
В частности, Указ Президента Республики Узбекистана И.А.Каримова от 12 января 1998 года за №1913 «Об улучшении и совершенствовании деятельности музеев» и решение Кабинета Министров от 5 марта 1998 года за № 98 «О вопросах поддержки деятельности музеев» послужили толчком для более активной работы музеев. На сегодняшний день, областной краеведческий музей Ферганы имеет все виды современного технического оснащения, которые помогают в проведении научно-исследовательских работ. Сотрудниками музея были изданы множество монографий. Старший научный сотрудник музея Г.П.Иванов в сотрудничестве с Институтом археологии Академии наук Республики Узбекистан издал на двух языках (узбекский и английский) свою монографию под названием «Город^ува в эпоху Ахмада ал-Фергани». А Н. Абдулахатов и Б. Хашимов, выпустив ряд таких брошюр, как «Ахмад ал-Фергани», «Муйи муборак», «Эпоха Бурхониддина ал-Маргилани и его наследники», приобрели широкую популярность. Кроме того научные и научно-популярные статьи работников музея каждый год печатаются в научных изданиях нашей Республики и за рубежом.
Сегодня в музее функционируют 5 (история, природа, искусство, научно-просветительский и фонд) отделов и 10 (изобразительное искусство, металлические и керамические изделия, специальный, документы, газеты и плакаты, изделия из дерева, археология и нумизматика, природа, фотонегативы и снимки) депозитариев. Их возглавляют 3. Ахмедова (отдел фонда), К. Расулов (отдел истории), Г. Кенжаева (отдел природы), О. Мухаммадиева (отдел искусства) и Э. Хайдарова (научно-просветительский отдел).
Кроме того, существуют 7 отделений областного краеведческого музея Ферганы в районах. Это: музей Хамзы Хакимзода Ниязи в деревне Шахимардан, мемориальный музей Усмана Юсупова в деревне Каптархана Ферганского района, музей истории Узбекистанского района в г. Яйпан, мемориальный музей Юлдаша Ахунбабаева и музей «Литературы и искусства» в г. Маргилан, дом музей Зиявуддина Хазини в Учкуприкском районе и музей истории Алтыарыкского района.
Данный каталог под названием «Жемчужины Ферганского музея» включает в себя более 500 экспонатов областного краеведческого музея Ферганы. В основном здесь представлены коллекции археологии, нумизматики, этнографии, прикладного искусства, скульптуры, рукописей и оружия. С гордостью следует заметить, что большинство экспонатов хранящихся в Ферганском музее были представлены на выставках международного уровня. В 1957 и 1957гг. в Ленинграде (нынешний Санкт-Петербург, Россия), в 1978 году в Киеве (Украина), в 2000 году в Ганновере (Германия), в 2003 году в Лондоне (Англия) были организованы выставки с участием экспонатов данного музея. В столице нашей страны в городе Ташкенте с 1980 по 1990 на основе экспонатов Ферганского музея было организовано несколько выставок.
